用于壓載水的過濾系統的孔徑分別為80微米和10微米。
如果進一步減小孔徑或者外加小孔徑的篩網，可以去除海草和大的浮游動物。但是去除體積稍小的微生物會很困難。精細篩網廣泛用于近海石油工業，處理量為5000立方米每小時。
建議在壓載水泵的下游安裝一套相關的微過濾器可以減少壓載水中的海洋生物。
它由兩個以上的粗過濾器(300mm網孔)和兩個以上的細過濾器(25mm網孔)組成。
過濾器用人造纖維做成，有自動自清潔過濾功能，可以安裝在現有的船上或融入新設計的船體中，通過編程來控制過濾器在特定的時間間隔或壓差下進行自清潔。
“粗”和“細”過濾器的自清潔分別需要不銹鋼刷和真空掃描過濾器。
通常在裝載壓載水的港口而不是目的地港口處理過濾后的濾渣，這樣可以避免引入非本土生物。
粗過濾可以去除大部分的大浮游動物，而細過濾器可以過濾掉大部分小一些的浮游動物和大、中型的浮游植物。篩孔孔徑為300mm和25mm的過濾器的處理量都可達到1000立方米每小時。