一、菌肥保質有期限
大部分菌肥必須保存在低溫（最適溫度4℃～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒溫箱內，這類菌肥的有效期通常只有一年；一些芽孢桿菌肥的保質期與生產工藝水平高低有關，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平不高的達不到半年就失效，所以菜農應謹慎選擇菌肥產品及其保存環境。
即便是微生物菌肥所含菌種數量很高，因為菌種活性是有一定時間限制的，一般超過兩年的生物菌肥要慎重選擇。
二、菌肥最好不要沖施
施用微生物菌肥的時候，基施可用方法有撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分以穴施效果更佳。不建議沖施生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對液體生物菌肥。
三、避免導致菌種死亡
微生物菌肥施用過程中應避免陽光直射；蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農為防治根莖部病害，采用農藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，對防治真菌、細菌都有效，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農藥灌根。
四、創造菌種適繁環境
菌肥中的菌種只有經過大量繁殖，在土壤中形成規模后才能有效體現出菌肥的功能。為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細菌需要在pH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。
微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動，因此，必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。微生物菌肥中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
五、菌肥必須投入充足有機肥
有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。因此，施用微生物肥料時必須配合施用有機肥料，所以菜農在施用菌肥時應與糞肥等有機肥一起施用，不但可加快有機肥的腐熟速度，而且能促進菌群的形成，提供菌肥的肥效。